Das Herzstück der Wallfahrtskirche Maria Taferl ist der barocke Hochaltar, der in den Jahren 1732 – 1739 entstand.
Die lange Entscheidung über den Entwurf und die Ausführung ist darauf zurückzuführen, da die geistliche Führung dem Fürstbischof von Passau und die weltliche dem von Regensburg oblag. Bei der Gestaltung des Innenraumes einer Barockkirche wurde besonderer Wert auf den Hochaltar gelegt, der als räumlicher Mittelpunkt der Liturgie erhöhte Aufmerksamkeit erhielt. Seit dem frühen 17. Jahrhundert setzte sich die Auffassung durch, dass ein freier Blick auf den Hochaltar von allen Seiten der Kirche möglich sein müsse. In Maria Taferl füllt der Hochaltar aus Stuckmarmor und reich verziertem Zierrat die gesamte nördliche Chorrückwand aus. Die Planung und Ausführung des neuen Hochaltares stand in den Händen des in Passau ansässigen Bildhauers Joseph Matthias Götz (*1696; +1760) und des Architekten Johann Michael Prunner (*1669; +1739). Mit der Ausführung des zentralen Gnadenaltares wurde der Passauer Goldschmied Johann Peter Schwendtner (Gschwendtner) beauftragt.
1755 vernichtete ein Brand im Altarraum sowohl das Gnadenbild als auch die Eiche. Diese wurde durch einen Metallstamm ersetzt. Im Jahre 1810 verfügte die kaiserliche Regierung die Ablieferung des Kirchensilbers, woraufhin man in Maria Taferl sämtlichen Zierrat des Gnadenaltars entfernte und ihn damit weitgehend zerstörte. 1811 wurde auf kaiserliche Anordnung ein Teil des verlorenen Schmucks in reduzierter Form wiederhergestellt. Das Zentrum des Hochaltares ist die Gnadenstatue, im Metallstamm in einer Nische angebracht. Das 38 cm hohe Gnadenbild (Pieta) aus Lindenholz zeigt Maria mit ihrem toten Sohn auf dem Schoß, dessen Kopf sie mit ihrer Rechten stützt.
Im Gesamtkonzept der Renovierung von 2004 – 2010 war auch die Neugestaltung des Volksaltares und der dazugehörigen Altarinsel berücksichtigt. Nach einem Architektenwettbewerb wurde der Linzer Architekt Josef Ullmann beauftragt. Der Altar, die Altarinsel, der Ambo und der Osterkerzenleuchter sind aus Rauriser Marmor. In der Drehung des Altares findet sich der Wallfahrerumgang wieder. Fast alle Wallfahrtsgruppen, die in die Basilika einziehen, begrüßen die Gnadenmutter, in dem sie einmal den Gnadenaltar umrunden.